Существуют разные версии насчет возникновения Зверинецких пещер, но ни одной научно доказанной столице так и не удалось обзавестись. Зато известно, что вход в пещеры был обнаружен некой Феодосией Матвиенко, проживающей еще в 19 веке в киевской местности Зверинец. Услышав странный гул под полом своего жилища, женщина решила проверить, что это, и спустилась вниз вместе со своим соседом. За полузасыпанной деревянной дверью их ожидали расходящиеся ходы и множество человеческих останков.Таким образом, в  конце XIX века были найдены пещеры монастыря, после чего монастырь был частично восстановлен в 1913 году в качестве Рождества Богородицы скита Киево-Печерской Лавры на Зверинецких пещерах. После советского периода запустения, трудами музея истории Киева и братии Свято-Троицкого Ионинского монастыря Зверинецкие пещеры были вновь расчищены. С 1997 года возрожден скит Рождества Богородицы на Зверинецких пещерах. В 2009 году на базе Зверинецкого скита учрежден Архангело-Михайловский монастырь.