Некогда на месте обители находился большой сад, где любил уединяться для молитвы Преп. иеросхимонах Феофил, подвижник Киево-Китаевской пустыни (ум.1853г.). Содержателю сада Иосифу Диковскому, который чтил Преподобного, подвижник предрек основание здесь женского монастыря, чьей строительницей и правительницей будет «царственная жена». Предсказание сбылось: основательницей обители стала Великая княгиня Александра Петровна (ум.1900г.) — супруга брата императора Александра II Великого князя Николая Николаевича. Дочь Петра Ольденбургского — сына сестры императоров Николая I и Александра I, она родилась в Германии. Петр Георгиевич был известен добротой и благотворительностью, в чем дочь походила на него. В Российской империи Алескандра Петровна приняла Православие и также посвятила себя благотворительной деятельности, созданию медицинских учреждений. В 1879 г. княгиня получила тяжелую физическую травму и оказалась прикованной к постели. Единственной радостью для страдалицы были чтение Псалтири и Иисусова молитва. Путешествуя по святым местам, Александра Петровна подплывала к Афону, а в 1881 г. приехала поклониться святыням Печерской обители и осталась жить в Киеве.


В 1888 г. Великая княгиня стала подыскивать в окрестностях города место для создания обители, в которой сочетались бы молитва и благотворительность. Узнав об этом, дочь Диковского Феодосия продала Александре Петровне тот самый сад, где молился Преп. Феофил. К тому времени Феодосия забыла о предсказании Преподобного и не осознала, что исполняет слова старца, а вспомнив, рассказала все Великой княгине. Та пришла в неописуемое изумление и отслужила на могиле Преп. Феофила панихиду (тогда Угодник еще не был причислен к лику Святых).


11 января 1889 г. совершилось освящение места будущего монастыря: здесь были заложены домовая церковь и покои княгини. Этот день и считается официальной датой основания обители. Александра Петровна переехала сюда еще во время строительных работ. Здесь, по молитве перед образом-списком с Почаевской иконы Божией Матери (дар Почаевской Лавры отцу княгини), она получила исцеление и приняла тайный постриг с именем Анастасии. Замысел княгини осуществился. В обители была создана целая система благотворительных учреждений. Здесь действовали бесплатные аптека и амбулатория (принимала в день до 500 больных всех вероисповеданий с разными диагнозами), женская стационарная больница, церковно-приходская школа для девочек, рукодельные мастерские, странноприимный дом (вмещал до 200 чел.), приюты для вдов и девиц, желавших жить в монастыре не принимая пострига, для сирот и бедных детей всех сословий, для хронически и неизлечимо больных женщин, а также для слепых. Медицинские заведения обители отвечали последнему слову тогдашней науки и техники. Именно здесь появился первый в Киеве рентгеновский аппарат, обслуживавший не только монастырские, но и другие городские медучреждения. Обязанности сестер милосердия выполняли в обители сами инокини. Сама Великая княгиня, бывшая некогда ассистенткой знаменитого С. П. Боткина (ум.1889 г.), помогала во время операций трудившимся в монастыре хирургам и выстаивала при этом на больных ногах иногда до 6 часов. В обители работали лучшие киевские врачи, в частности Д. Заболотный, впоследствии президент Академии Наук Украины. Смертность среди пациентов монастыря составляла всего 4 процента. В обители исцелялись и приходившие с верой к упоминавшейся Почаевской иконе Божией Матери. С открытием в Киеве женских медицинских курсов будущие женщины-врачи стали проходить практику в монастырской больнице.


В 1923 г. обитель была упразднена, а осенью 1941 г. возродилась. С первых же дней сестры спасали от разграбления медицинское оборудование, весной 1942 г. открылась амбулатория, где киевские врачи, рискуя жизнью, выдавали фиктивные справки о болезнях и так спасали советских граждан от вывоза на работы в Германию. Осенью 1943 г. линия фронта приблизилась к Киеву, и монастырь попал в запретную зону. Монахини во главе с игуменией отказались покинуть обитель невзирая на угрозы и приказы фашистских властей. Закрывшись в сыром помещении под одним из храмов, инокини 40 дней, до самого освобождения Киева пробыли здесь с 300 гражданами, скрывавшимися от преследования гитлеровцев. Сразу по приходе советских войск обитель на собственные средства открыла на своей территории госпиталь для раненых бойцов. С приходом первого полевого госпиталя монастырь передал последнему все медоборудование, спасенное сестрами от вывоза в Германию.



Престольный храм, сооруженный Великой княгиней, имеет приделы Св. Архистратига Михаила и Преп. Агапита Печерского (ранее соответственно Всех Святых и Св. Прор. Илии). Восточное церкви (в саду) находится могила самой инокини Анастасии, а южнее — гигантский собор Св. Николая Мирликийского (1896-1911 гг.; эскизный проект принадлежит сыну Великой княгини Петру Романову, рабочие чертежи — архит. Николаеву, проектировавшему и престольную церковь; крупнейший в Киеве храм, вмещает до 3 тыс. чел.; огромное внутреннее пространство перекрыто арками по диагонали; разборка куполов в советское время не лишила сооружение величия и завершенности) с боковыми приделами Преп. Сергия Радонежского (левый, ранее — Св. Ап. Петра и Св. Блаж. Николая Новгородского) и Всех Святых (правый, ранее — Св. Великомученицы Анастасии и Св. Прав. царицы Александры), а также нижним подземным ярусом-храмом Иконы Божией Матери «Живоносный Источник» (боковые приделы: левый — Св. Архистратига Михаила, правый — Преп. Серафима Саровского). Святыни: вышеупомянутая Почаевская икона Божией Матери, икона Покрова Пресвятой Богородицы. Обитель принимает паломников. В приюте для них имеется склад вещей, отданных сюда мирянами для раздачи неимущим. Действует богадельня для мирянок.