Проект і авторський нагляд за будівельними роботами здійснював відомий київський архітектор Володимир Миколайович Ніколаєв, який на той час обіймав посади київського міського і єпархіального архітектора. У 1882 році за один будівельний сезон було зведено двоповерховий будинок Купецького зібрання.

        Будинок Купецького зібрання одразу набуває популярності у киян. Тут відбувалися бали-маскаради, сімейні свята, благодійні лотереї, літературні і музичні вечори. Київські музиканти і гастролери, які виступали тут, були в захопленні від акустики залу з колонами. В.Ніколаєв не тільки досконало володів законами акустики як архітектор, але й був людиною музично обдарованою. Через кілька років після будівництва Купецького зібрання академік архітектури В.Ніколаєв став одним із членів Директорату Київського музичного Товариства. Ранки камерної музики, організовані цим товариством на початку дев’яностих років, відбувалися у Купецькому клубі.

        З діяльністю Музичного Товариства пов’язано багато славетних імен діячів музичної культури Києва. З 1888 по 1912 рік головою товариства був Олександр Миколайович Виноградський. Він прославився не тільки у Києві, але й у Європі, як самобутній диригент симфонічного оркестру . Київська публіка зобов’язана йому знайомством із багатьма симфонічними творами світової класики : Л.Бетховена, П.Чайковського, М.Римського-Корсакова та інших. Він був натхненним організатором і експресивним маестро.

        Яскраві сторінки у філармонічну діяльність Києва вписав Микола Віталійович Лисенко. Він увійшов в історію як основоположник української професіональної музичної культури, геніальний композитор і виконавець, відданий національній ідеї громадський діяч, подвижник у справі виховання музичної молоді і національно свідомої інтелігенції. Ще в 50-ті роки минулого століття він був одним із організаторів гуртка “Філармонічне товариство”. Потім брав участь у створенні Імператорського Російського Музичного Товариства. Кілька років поспіль обирався членом його Директорату. Проте члени цього товариства не схвалювали національної орієнтації М.Лисенка. Він знайшов підтримку в інших колах. Літературно-артистичне товариство, Філармонічне товариство “Баян”, Київський Український клуб, створені за участю М.Лисенка, зробили надзвичайно багато для розквіту української культури. У 1903 році у залі Купецького зібрання відбулося святкування ювілею М.Лисенка, яке стало справжнім тріумфом українського музичного мистецтва.

       Бурхливо і доволі трагічно ввірвалося у життя ХХ століття. Проте ні в роки Першої світової, ні в роки громадянської війн, ні в період частої зміни влад не зупинялося музичне життя Києва. У ці роки виконувалися твори М.Мусоргського, К.Дебюссі, К.Сен-Санса, інших композиторів. У 1914 році в Києві Симфонічним оркестром Імператорського Російського Музичного Товариства під керуванням Р.Глієра було виконано антракт до четвертої дії опери М.Лисенка “Тарас Бульба”. За ці два десятиліття на гастролях побували С.Рахманінов, О.Скрябін, А.Нежданова, Л.Собінов, Ф.Шаляпін та інші.

       Купецьке зібрання проіснувало до 1919 року. Потім у його приміщенні розташувався Пролетарський будинок мистецтв. Пізніше – Будинок політичної освіти, потім клуб “Більшовик”. А в 30-ті роки – Палац піонерів і жовтенят.

“2-го березня (1923 року) концертом, що відбувся під орудою Л.Штейнберга, благополучно розпочала свою діяльність Держфілармонія”, – так пише про подію, що відбулася у колишньому Купецькому зібранні , її очевидець – музичний критик М.Шипович. З 1927 року Державна філармонія працювала у столиці України Харкові, а в 1934 – повернулася до Києва, який знову став столицею. Свого постійного приміщення у цього творчого колективу не було. Концерти і музично-лекторійна робота проходили у різних залах і робочих клубах. У 1937 році при Держфілармонії під керуванням Натана Григоровича Рахліна став працювати Державний симфонічний оркестр, що прославився як прекрасний романтичний оркестр.

      На початку війни у 1941 році діяльність Київської державної філармонії було припинено, а безцінні архіви спалили за наказом “згори”. Під час окупації Києва у будинку колишнього Купецького зібрання розташувався німецький офіцерський клуб. Цей будинок, один із небагатьох, уцілив поблизу зруйнованого Хрещатика.
За генеральним планом повоєнної відбудови Хрещатика і після ретельного обстеження будинку колишнього Купецького зібрання ця історична споруда призначалася під знесення, оскільки знаходилася в аварійному стані. Але будинок не стали руйнувати. Адже кращого приміщення з чудовою акустикою для філармонії годі було й шукати у напівзруйнованому місті. Київська філармонія розпочала тут свою роботу вже у 1944 році.

Вісімдесяті роки були найтяжчими в історії філармонії. У цей період сталося кілька важких аварій. Одна з них затопила підвали. Пропали архіви і одна з найкращих нотних бібліотек у Києві. Косметичні ремонти вже не допомагали. Філармонію треба було негайно рятувати . І, нарешті, дякуючи наполегливості директора філармонії Д.Остапенка, реставрація почалась. Роботи по реставрації і реконструкції доручили здійснити Міністерствукультури і Київському міськвиконкому.
Проектом було передбачено відновити історичну структуру пам’ятки архітектури, зберегти акустичні властивості Колонного залу, встановити сучасне інженерне устаткування, а саме: пульт режисерського управління, новітню звукозаписуючу апаратуру, службову телекомунікаційну систему, обладнання для постановчого освітлення та механізації сцени тощо. У грудні 1996 року відбудований Колонний зал ім. Лисенко був знов відкритий для публіки.

Враховуючи багатогранну творчу діяльність колективу, значний внесок у розвиток українського музичного мистецтва Київський державній філармонії у жовтні 1994 року Указом Президента України було надано статус Національної філармонії України.

В 1996 році було створено Симфонічний оркестр Національної філармонії України.
У 2000 році Національна філармонія України отримала культурний грант від Уряду Японії. Це був початок традиції вручення грантів закладам культури України. Завдяки цьому гранту філармонія одержала концертний рояль для сцени Колонного залу імені М.В.Лисенка, а також музичні інструменти симфонічного оркестру- духові та ударні інструменти, арфу.

Національна філармонія України поряд із активною концертною діяльністю з метою широкої пропаганди вітчизняного і зарубіжного мистецтва класичної спадщини, відродження української національної культури, постійно проводить міжнародні конкурси та фестивалі, бере участь у загальнодержавних та міжнародних художніх проектах, презентаціях, творчих звітах, науково-практичних конференціях, виставках, мистецько-культурних та громадських акціях за участю керівників держави та уряду.