Середньовічну будову переробляли кілька разів. Один час вона мала п’ять бароккових бань; після пожежі на Подолі 1811 року, чотири бічні бані зняли і надали церкві неоклясичного вигляду. 1835 року її п’ятиповерхову дзвіницю, що перешкоджала вуличному рухові, разібрали і натомість надбудували над головним входом дзвіницю в стилі російського ампіру. Церква мала десятиметровий іконостас (1778 року) і срібні царські врата (від 1784 року) з іменем жертводавця – запорожця Василя Білика. Іконостас у стилі рококо вважався одним з найкращих з тих часів.
Під кінець дев’ятнадцятого століття зовні церкви прибудовано низку дерев’яних крамничок, які псували вигляд церкви. 1929 року ці прибудови, в намаганні відновити первісний вигляд церкви, було знесено. Але кілька років згодом всю будівлю зруйновано.
Останні роки існування цієї стародавньої церкви на Подолі буди тісно пов’язані з долею Української Православної Церкви. Коли кафедру св. Софії закрито для богослужіння, громаді вірних не дозволили перебрати якусь іншу церкву на Горі, і вона отримала для користування церкву Богородиці Пирогощі. Отже, 1934 року ця церква дванадцятого століття ще раз стала кафедрою Митрополита Української Православної Церкви. А роком пізніше Пирогощу зруйновано в процесі виконання пляну поширення історичної Магістратської або Ратушної площі (тепер – Червоної). Дослідження, проведені перед руйнуванням, встановили, що церква зберегла більшу частину своєї початкової будови, незважаючи на лихо, якого вона зазнала, та на численні переробки. Після цього Митрополит Павловський переніс осідок своєї митрополії до Притиско-Микільської церкви на Подолі, але і її влада закрила в червні 1935 року.
У другій половині 1970-тих років археологи розкрили фундаменти зруйнованої церкви Богородиці Пирогощі. 3’ясувалося, що вони заглиблені на чотири стопи – коло 1,2 метра, – і їхній будавельний матеріал належить до ще давнішої будівлі. У зв’язку з цим, влітку 1976 року радянська преса подала повідомлення про археологічне відкриття на Подолі. В 1970-тих роках також обговорювано питания відбудови Богородиці Пирогощі в її первісному вигляді.