28 сентября 1819 года в Братском монастыре (Контрактовая площадь) на базе Духовной семинарии после крестного хода и торжественных собраний была открыта Духовная академия, которая считала себя наследницей лучших традиций Могилянской. В частности, преподавание велось на латыни, причем профессорам запрещалось читать лекции с листа.

Студентов в заведении училось немного — около 50, в штате числились 6 профессоров и 12 бакалавров. Ректор одновременно был архимандритом Братского монастыря и викарием Киевской епархии. Курс обучения длился 4 года и состоял из 2 двухгодичных этапов — низшего и высшего. Низшее отделение давало знания по философии, гражданской истории, математике и российской словесности. Богословие, церковные история и словесность, а также география преподавались в высшем. При этом студенты изучали языки — греческий, латинский, древнееврейский, немецкий (или французский), и, разумеется, Священное Писание.

С 1845 года “духовникам” стало значительно сложнее грызть гранит науки — в программу были включены аж 28 предметов, из-за чего пришлось сокращать длительность лекций. Однако после принятия нового устава духовных академий такой способ обучения признали утомительным: студенты получили возможность в добавку к минимуму обязательных дисциплин выбирать одно из трех отделений — богословское, церковно-историческое или церковно-практическое. Именно тогда количество учащихся начало увеличиваться.

Сначала в академию принимались только выпускники семинарий из украинских городов, но с 40-х годов ХIХ века дверь заведения открылась и для россиян, сербов, болгар, греков. Кстати, поступить туда было нелегко: кроме сдачи экзаменов (богословское или философское сочинение, история церкви, греческий и латинский языки, логика, догматическое богословье), от абитуриентов требовалось подать гору справок и документов, пройти медосмотр и заплатить 210 рублей за год.

Не менее тяжело протекал процесс обучения. Мало того, что снова увеличилось количество обязательных предметов, так студенты должны были строго придерживаться главного принципа академии — руководственной роли Святого Письма. Это означало присутствие на энных богослужениях, участие в церковном хоре, соблюдение постов. Правила запрещали разговаривать на лекциях, курить в помещении, устраивать какие-либо собрания, концерты и выступления, посещать “заведения, кои не отвечают требованиям морали духовного лица”.

Но несмотря на некоторые организационные проколы, академия успешно выполняла свою функцию, которая заключалась в подготовке преподавательских кадров для духовных семинарий всей европейской части империи. Одновременно она являлась заведением, формировавшим украинскую и российскую интеллигенцию — там учились будущие ученые Павел Житецкий и Константин Воблый, педагог Сергей Грушевский (отец Михаила), писатель Иван Нечуй-Левицкий, дирижер Александр Кошиц, киевский митрополит Владимир Богоявленский и первый митрополит УАПЦ Василий Лапкивский.

Начало первой российской революции вызвало среди студентов заведения массовые волнения, в результате чего с октября 1905-го по 1906 год оно было закрыто. После того Синод ввел академическую автономию и выборность должностей ректора и инспектора, но спустя несколько лет во главе “духовников” стали монархисты. В первой половине 1918 года академия фактически прекратила существование, а в 1920-м ее ликвидировали официально.