На Зверинце существовало 2 кладбища: Зверинецкое кладбище (современная территория между бульваром Дружбы народов, улицами Верхней и Старонаводницкой) и военное кладбище (между улицами Тимирязевской, Подвысоцкого и Зверинецкой). Деревянная церковь Рождества Иоанна Предтечи была построена в 1715–1729 гг. на территории бывшей Святоозерской слободки, основанной лаврским архимандритом Иоанникием (Сенютовичем). В 1866 году вместо обветшавшего возвели новый одноименный храм. Именно при этой церкви создалось Зверинецкое кладбище. 6 июня 1918 года на Зверинце произошел взрыв военных складов, повредивший храм, дом причта и школу. В 1935 году храм сгорел и более не восстанавливался. В возрожденном храме первую службу служили 23 апреля / 6 мая 2008 года. После этого началось строительство типового храма. Первую Литургию в нем служили 9 / 22 ноября 2008 года. 2 мая 2009 года Блаженнейший Митрополит Киевский и всея Украины совершил освящение храма в честь Рождества Иоанна Предтечи на Зверинецком кладбище города.