Нині до складу музею входять теріологічний (близько 7,8 тис. одиниць зберігання), орнітологічний (близько 18 тис. одиниць зберігання), герпето-батрахо-іхтіологічний (близько 5 тис. одиниць зберігання) відділи, відділ безхребетних тварин, колекції якого налічують близько 668 тис. одиниць зберігання, та експозиційний відділ, де експонуються найвидатніші колекційні зразки з усіх попередніх відділів. Його колекції внесено до світових каталогів зоологічних колекцій. Серед них 189 видів фауни із «Червоної книги України» та 108 видів – з міжнародної «Червоної книги». В експозиції музею виставлено для огляду понад 5 500 видів тварин, які мешкають в усіх частинах земної кулі.