В 1991 году возвращён Православной церкви. К началу 2000-х годов был отреставрирован главный храм монастыря — Свято-Троицкая церковь, колокольня, башня с часами, отстроены братские корпуса. С 1997 года братией Ионинского монастыря началось восстановление пещер и храма Зверинецкого монастыря.