Монастырь известен с 16 века. Название получил от деревянных церквей Флора и Лавра, с которых, собственно, и начинался. Первые каменные постройки воздвигли в 16 веке, то, что мы видим сейчас — строилось в течение двух веков — с первых десятилетий 18 по начало 20 веков. Изначально монастырь был частным. В грамоте польского короля Сигизмунда II Августа от 17 мая 1566 года говорилось: "Киевский девичий Флоровский монастырь на Подоле предоставляется со всем тем, что он имеет, в потомственное владение или заведывание Киевскому протопопу Иакову Гулькевичу (возобновившему этот монастырь) с правом совершения в нём богослужений ему самому, его детям и потомкам, какие годны быть священниками". Для русской церкви такой подход к монастырю и его имуществу несколько неожиданен, но в Великом княжестве Литовском монастырь мог запросто принадлежать создавшему или возобновившему его человеку — как любое другое имущество, скажем, мельница или сыроварня. Хозяин мог по своему усмотрению тратить доходы монастыря, мог его подарить, завещать или продать. Разве что, в силу специфики имущества, для такой сделки нужно было согласовывать её наверху.